Στα πλαίσια της διασφάλισης της άριστης ποιότητας των προϊόντων της η ΔΩΔΩΝΗ έχει πιστοποιηθεί από τον Οργανισμό Πιστοποίησης TUV CERT για την εγκατάσταση και την εφαρμογή του συστήματος ποιότητας. Η όλη διαδικασία παραγωγής είναι πιστοποιημένη κατά το πρότυπο ISO 9001/2000 στο οποίο έχουν ενσωματωθεί και οι απαιτήσεις του HACCP όπως προβλέπονται από την κοινοτική οδηγία 92/46 και ως προς τα διεθνή πρότυπα ασφάλειας και υγιεινής των τροφίμων BRC και IFS.
Το Σύστημα Ποιότητας που εφαρμόζεται στη ΔΩΔΩΝΗ στηρίζεται στον συνεχή προγραμματισμό και έλεγχο της ποιότητας, την πρόληψη και την εξάλειψη τυχόν προβλημάτων, την εκπαίδευση του προσωπικού και την εισαγωγή καινοτομιών ποιοτικής διασφάλισης.